周邊有兩條自行車道，本館也是「環騎圓夢」認證補給站
1.山海圳綠道自行車道路（約45公里），端點為臺江國家公園與烏山頭水庫，行經國立臺灣歷史博物館、南科園區、嘉南大圳。
2.博物館自行車道路（約40公里），端點為國立臺灣歷史博物館與奇美博物館，行經安平古堡、億載金城、西部濱海公路。
認證補給站提供：
1.臺史博→台江文化中心、四草綠色隧道、台江國家公園管理處遊客中心暨行政中心園區、鹿耳門、七股遊客中心
2.臺史博→臺灣史前文化博物館南科考古館、樹谷生活科學館、樹谷農場 3.臺史博→善化啤酒廠→臺南山上花園水道博物館
