本館期許透過「臺灣研究資料的典藏」，「網路資料庫的建構」，「臺灣史料的整理」、「跨學科的史學研究」幾個工作方向，來累積匯集研究史料、企劃具臺灣史觀的歷史展示、推展臺灣歷史教育與發展臺灣文物研究幾個目標，作為臺灣歷史知識建構的基石，並透過歷史主題演講、研究推廣活動等，讓本館成為臺灣歷史研究、教育的資源中心。

本館位於臺灣南部大臺南市安南區，鑑於為南部歷史研究資源之深化、整合盡力，本館也以「南部臺灣史的研究據點」為努力之目標，並藉歷史學與其他學科領域之整合研究，以拓展新的歷史研究視野。

臺灣女人研究： 在大歷史中長久被忽略的女性，在多半以家務為中心的日常裡，究竟會對她們不同階段、不同身份保有什麼樣的故事？藉由這個計畫的執行，我們希望經由收集與女性相關的歷史資料，或訪談、接觸不同族群、地區、職業等身份女性，嘗試呈現女性於歷史潮流中，所展現的豐沛生命力。本專題的主要方向如下：

「平埔族」研究： 臺灣原住民族中，有許多曾經活躍於平原的族群，被統稱為「平埔族」，「平埔族」因過於激烈的文化變遷，使得文化特徵逐漸模糊。「平埔族」在歷史上因為經歷長期族群接觸與互動，成為臺灣歷史研究當中重要的議題。 1.進行影像紀錄：「平埔族」各族在部落、社區，仍保有文化傳統與祭典，藉由參與、紀錄現存文化的樣貌，以作為理解各族文化的開始。

歷史事件專題研究：
本館為呈現重要的歷史事件，將針對臺灣歷史上重要的事件進行專題研究及展示規劃。如2010年即推出針對霧社事件進行研究，搭配口述歷史訪問及史料，策劃「聞眾之聲-霧社事件八十周年特展」，除有展覽專刊出版外，並委請南臺科技大學團隊進行軍方重要日文史料翻譯，本館編輯整理出版《霧社事件日文史料翻譯》一書，當中珍貴圖片及地圖並取得日本、臺灣館藏單位的授權，深具參考價值。另外，也有針對重要家族文獻日記進行整理研究計畫，並於2010年9月出版《獄中家書：柯旗化坐監書信集》。

博物館的研究有別於一般的研究機構，研究方法上有不同學科的對話與整合。
本館以歷史學為核心，整合民俗學、社會學、人類學、考古學、地理學等各門學科的研究法，進行學科整合性的專題研究。學科整合性的專題研究以本館每年辦理之「走入歷史田野工作坊」為代表，工作坊廣邀國內外不同學科、領域之專家學者，針對主題指導在學之研究生進行研究與踏查。

行政大樓1樓大廳已陸續辦理「交通展」、「虎年快樂」、「食飽未—莊建緒陶瓷器文物捐贈展」、「物的旅程」等特展，並著手籌劃文物捐贈特展中。

館外的展示活動也包含國內、外的展覽，2009年本館於德國辦理「遇見‧臺灣—一個多元文化的島嶼」，將臺灣與西方人互動的歷史介紹給歐洲人。2010年於臺南、臺北、澎湖巡迴展覽之「異文化的相遇—臺灣的機會與選擇」，展示臺灣本地社會歷史上多次異文化衝擊，如何創造新時代的機會與選擇。
2009年與臺南拔馬教會共同策劃「永續經營、焚而不燬--拔馬教會設教 140週年特展」，由傳教士馬雅各與拔馬庄西拉雅平埔族人的相遇、教會的設立與早期信徒，以及現在的拔馬教會的教友，由拔馬西拉雅族人與教會的關係，帶出當地的歷史與文化。2010年於臺南、埔里、臺北、臺東等地辦理的「聞眾之聲─霧社事件八十週年」巡迴特展，由霧社事件中不同史料的解讀呈現觀看歷史事件的多元角度。

展示大樓的特展室亦於開館後進行「古城‧新都‧神仙府：臺南府城歷史」特展。展示核心精神是將府城的歷史文化放在當代脈絡下來思考與對話，瞭解過去不同社群在不同地域空間所形成的總體府城社會圖像，並探討府城內部與外部的城郊關係。